กรณีผิดปกติของทารกที่เป็นโรคไข้สมองอักเสบที่หายากซึ่งมักไม่พบในเด็กทำให้นักวิจัยค้นพบการกลายพันธุ์ทางพันธุกรรมที่ไม่เคยเห็นมาก่อนในการตรวจสอบยีนที่รับผิดชอบต่อภูมิคุ้มกันโดยกำเนิด ยีนสั่งให้ผลิตโปรตีนที่มีบทบาทสำคัญในการรับรู้และการตอบสนองต่อเชื้อโรคที่บุกรุกในระยะเริ่มต้นการกลายพันธุ์ที่สืบทอดมาในยีนนี้ทำให้เกิดความผิดปกติของระบบภูมิคุ้มกัน

ที่ทำให้ร่างกายอ่อนแอต่อการติดเชื้อซ้ำของแบคทีเรียที่ทำให้เกิดหนอง กรณีของการขาด IRAK4 นั้นค่อนข้างหายากและมีเพียง 10 กรณีในครอบครัวที่ระบุในญี่ปุ่นเท่านั้น โรคไข้สมองอักเสบจากยาต้าน NMDAR การอักเสบของสมอง เกิดขึ้นเมื่อระบบภูมิคุ้มกันโจมตีตัวรับสมองที่สำคัญ ทำให้เกิดอาการทางจิตเวช การเคลื่อนไหวโดยไม่ได้ตั้งใจ อาการชัก ระบบอัตโนมัติผิดปกติ และภาวะหายใจไม่ปกติ มักเกิดขึ้นในสตรีวัยผู้ใหญ่ที่มีเนื้องอกในรังไข่ มีรายงานเพียงไม่กี่กรณีของโรคไข้สมองอักเสบต้าน NMDAR ในทารก