การรักษาทารกด้วยยาปฏิชีวนะในสัปดาห์แรกของชีวิตนั้นสัมพันธ์กับการลดลงของแบคทีเรียที่มีสุขภาพดีซึ่งจำเป็นต่อการย่อยนมและการดื้อยาต้านจุลชีพที่เพิ่มขึ้น แพทย์ควรพิจารณาใช้ยาปฏิชีวนะในลักษณะที่ทำให้เกิดอันตรายน้อยที่สุดต่อไมโครไบโอมของทารกแรกเกิด ซึ่งเป็นชุมชนของจุลินทรีย์ที่อาศัยอยู่ในร่างกายของเรา ภายใต้แนวทางปฏิบัติในปัจจุบัน

ยาปฏิชีวนะที่มุ่งเป้าไปที่แบคทีเรียหลายชนิด หรือที่รู้จักในชื่อวงกว้าง ถูกกำหนดให้ใช้กับทารกแรกเกิด 4 ถึง 10 เปอร์เซ็นต์สำหรับทารกแรกเกิดที่สงสัยว่าติดเชื้อ ผู้เชี่ยวชาญกล่าวว่าในกรณีส่วนใหญ่ ยาปฏิชีวนะจะถูกสั่งจ่ายโดยไม่จำเป็น เนื่องจากมีผู้ป่วยเพียงส่วนน้อยเท่านั้นที่ได้รับการวินิจฉัยว่าติดเชื้อในที่สุดการให้ยาเกินขนาดนี้มีขึ้นเพื่อให้แน่ใจว่าการรักษาตั้งแต่เนิ่นๆ สำหรับผู้ที่พบว่ามีการติดเชื้อในที่สุด เนื่องจากความล่าช้าใดๆ อาจเป็นอันตรายถึงชีวิตได้อย่างรวดเร็ว ทารกจำนวน 147 คนที่สงสัยว่ามีภาวะติดเชื้อในกระแสเลือดได้รับการรักษาด้วยยาปฏิชีวนะแบบมาตรฐานหนึ่งในสามวิธี ผลลัพธ์ของพวกเขาถูกนำมาเปรียบเทียบกับเด็ก 80 คนที่ไม่สงสัยว่าติดเชื้อและไม่ได้รับยาปฏิชีวนะ